Haydarpaşa-Gebze arasında bulunan, 29 Mayıs 1969 yılından bu yana hizmet veren banliyö tren hattının Pendik-Gebze bölümü 29 Nisan 2012 de, Kazlıçeşme-Halkalı bölümü 1 Mart 2013'de, Haydarpaşa-Pendik arasındaki bölüm 19 Haziran 2013'te yapılan son seferlerin ardından kapatılmıştı. Ankara-İstanbul Yüksek Hızlı Tren projesi ve Marmaray'la entegre olarak çalışması planlanan hattaki yenilenme çalışmaları nedeniyle, raylar sökülmüş, pek çoğu tarihi eser statüsünde bulunan istasyonların da yenilenmesine karar verilmişti.
Yapım süresi 24 ay olarak planlanan yenileme çalışmalarının 2015 yılı Haziran ayında sonuçlandırılması hedeflenmişti. Ancak aradan geçen süre içinde yapımı üstlenen firma, maliyetlerdeki aşırı artışı gerekçe göstererek 2014 yılının Ekim ayında çalışmaları durdurmuştu. Sorunların çözülmesinin ardından çalışmalar 2015 yılı içinde tekrar başlamıştı.
Tren hatlarının tamamlanması ve Marmaray projesi ile entegrasyonu sağlandığında 43 istasyonun bulunacağı Gebze’den Halkalı’ya 105 dakikada seyahat edilebilecek. Hatta Bakırköy’den Bostancı’ya 37 dakika, Söğütlüçeşme-Yenikapı'nın seyahat süresi ise 12 dakika olacak. Hatta günde 1 milyon yolcunun taşınması planlanıyor.