Okulun rektörü, Milli Savunma Bakanı'nın önereceği ve Başbakan'ın uygun göreceği 3 aday arasından Cumhurbaşkanı tarafından seçilecek. Ayrıca rektöre, görevlerinde yardımcı olmak üzere sayısı 4'ü geçmemek üzere Milli Savunma Bakanı tarafından rektör yardımcıları atanacak. Üniversitenin teşkilatı, Bakanlar Kurulu kararıyla oluşturulacak.
Enstitü müdürleri MSB'den
Enstitü müdürleri, Milli Savunma Bakanı tarafından atanacak, enstitülerin altındaki gerekli akademik birimler, rektörün teklifi üzerine Milli Savunma Bakanlığı'nca oluşturulacak. Enstitülere giriş şartları ile enstitülerin kurulması, işleyişi ve diğer hususlar, Milli Savunma Bakanlığınca çıkarılan yönetmelikle düzenlenecek. Harp okulları ve astsubay meslek yüksekokulları, üniversite bünyesinde ve denetiminde kendi özel kanunlarına göre faaliyet gösterecek, iş ve işlemleri üniversite rektörlüğü tarafından yürütülecek. Özel kanunların bu KHK'ya aykırı hükümleri uygulanmayacak. Bunun yanında, haftalık okutulması mecburi ders yükü dışında öğretim elemanlarına, üniversite rektörlüğünce belirlenecek esaslar çerçevesinde haftada en çok 20 saate kadar verilecek dersler için hocalara ek ders ücreti ödenecek.
Bu sefer nakledilen GATA oldu
Paralel örgütün kendisine tehdit olarak gördüğü subayları harcamak için yoğun olarak kullandığı ve geçmişte birçok 'çürük raporu' skandallarıyla hatırlanan askeri hastanelere de neşter vuruldu. Gülhane Askeri Tıp Akademisi (GATA) başta olmak üzere tüm asker hastaneleri, Sağlık Bakanlığına devredildi. Bunlara bağlı bütün taşınmazlar da Bakanlığa tahsis edildi. Sağlık Bilimleri Üniversitesi, devirden önce GATA bünyesinde yürütülmekte olan kimyasal, biyolojik, radyolojik ve nükleer tehditlere karşı savunma, hava ve uzay hekimliği, sualtı hekimliği, harp cerrahisi gibi özellikle askeri sağlık hizmet alanlarına yönelik hizmet, eğitim, araştırma ve danışmanlık hizmetlerini de yürütmekle görevli olacak. Bugünden itibaren bir ay içinde, devredilen sağlık kuruluşları için Sağlık Bakanlığı, Maliye Bakanlığı ve Türk Silahlı Kuvvetleri Sağlık Komutanlığından 3 kişilik komisyonlar kurulacak. Komisyon başkanlığı, Maliye Bakanlığı temsilcisi tarafından yürütülecek. Komisyonlar tarafından devre konu taşınırlar, taşınmazlar, taşıtlar, kadro ve pozisyonlarıyla birlikte mevcut personel tespit edilerek tutanağa bağlanacak.