KHK paketinde devrim niteliğindeki düzenlemelerden biri de yıllardır paralel örgütün TSK'ya sızmak için etkin şekilde kullandığı kurumların kapatılması oldu. Harp Akademileri, askeri liseler ve astsubay hazırlama okulları artık tarih oldu. 24 Mayıs 1989 tarih ve 3563 sayılı Harp Akademileri Kanunu da yürürlükten kaldırıldı.
15 Temmuz’daki darbe girişimi milat oldu. OHAL kapsamında yayınlanan Kanun Hükmünde Kararname’yle, TSK’nın yapısını köklü biçimde değiştirecek ve darbeleri tarihe gömecek çok kritik kararlar alındı. Harp Akademileri kapatıldı. YAŞ’taki sivil ağırlığı arttı. Kara, Deniz ve Hava, MSB’ye bağlandı. GATA, Sağlık Bakanlığı’na geçti.
Başbakan Binali Yıldırım, "17-25 Aralık'tan sonra hâlâ uyanmamış olanları masum kabul etmiyoruz. 17 Aralık, buranın bir terör yapılanması olduğunun ortaya çıktığı tarihtir" dedi.
Adalet Bakanı Bozdağ, Yüksek Askeri Şura'nın (YAŞ) yapısının değişmesiyle ilgili "Artık milletin iradesi doğrultusunda bir terfi, değişme ve gelişme olacaktır" dedi.