Ben Ezra Sinagogu, yüzyıllar boyunca, Musa bin Meymun (Maimonides) de dahil olmak üzere çok sayıda seçkin Yahudinin ilgisini çekti. İbn Meymun, Ben Ezra sinagogundaki ayinlere düzenli olarak katılıyordu. Hatta bazı Yahudiler, sinagogun yerinin, Musa peygamberin (Kitab-ı Mukaddes’e göre) Tanrı’ya dua ettiği yer olabileceğine inanıyor.
Ben Ezra Sinagogu, Kahire Genizası’na ev sahipliği yapmasıyla da ünlü. 19. yüzyılın sonlarında keşfedilen 280.000 adet Yahudi el yazmasından oluşan bu parçalar, şu anda Cambridge Üniversitesi Kütüphanesi’nde korunuyor. Başlangıçta kilise olarak hizmet veren sinagogun mimari tarzı, zaman içinde geçirdiği dönüşümü yansıtıyor.
Mısır’daki Yahudi nüfusu 1948’de 80.000’i aşmış olmasına rağmen, bugün bu sayının 10 ila 20 arasında olduğu tahmin ediliyor.