Edirnekapı’nın Haliç’e bakan yamacında bulunan mâbed, Bizans döneminin önemli manastırlarından Khora’nın Îsâ’ya adanmış kilisesidir. Tarihçesi ve ilk yapısı hakkında birçok bilgi olmakla beraber bunlardan büyük bir kısmı tarihî gerçeklerle uyuşmamaktadır. Khora kelime olarak bir yerleşim yerinin dışını, taşrayı ifade etmektedir. Türkçe’de “köy” anlamındaki karyeden gelen kariye de bir bakıma bunun tercümesidir. IV. yüzyıl başlarında Konstantinos tarafından yaptırılan surların dışında kaldığından manastıra bu adın verildiği ileri sürülürse de bu görüş pek inandırıcı değildir. Fakat kilisenin içinde Îsâ ve Meryem’i tasvir eden mozaiklerde her ikisinin de adları ile birlikte Khora kelimesinin yazılmış olması bunun mistik bir anlamı olduğunu gösterir. Bazı eski filozofların Tanrı’nın sınırsızlığını ifade eden tarifleri Geç Bizans devrinde Îsâ ile Meryem’e de yakıştırılmıştır. Böylece Khora sıfatı her türlü çerçeveyi aşan bir âlemi belirtmektedir.
Öteden beri Khora Manastırı ve Kilisesi’ni İmparator Iustinianos’un VI. yüzyıl içinde kurduğu ileri sürülürse de IX. yüzyıla doğru yazıldığı bilinen bir kaynakta anlatılan bu kuruluş efsanesi gerçeğe uymaz. Manastır ilk defa, 742 yıllarında isyan edip kendisini imparator ilân eden bir valinin çocukları ile birlikte buraya kapatılması dolayısıyla zikredilir. Bundan sonra XI. yüzyıl sonlarında imparator olan I. Aleksios Komnenos’un kayınvâlidesi Maria Dukaina tarafından, o tarihlerde harabeye dönmüş olan yapıların restorasyonu ile kilisenin eskisine nazaran daha değişik bir mimaride yeniden inşası dolayısıyla ikinci defa anılır. Bugünkü binanın esasını teşkil ettiği sanılan bu kilise “Soteros” yani kurtarıcı Îsâ’ya adanmıştı. Fakat ardından yine tamir gerektiren binayı Aleksios’un küçük oğlu Isaakios Komnenos ihya ederek iç holünde kendisi için bir mezar yeri hazırlatmış ve buranın duvarında mozaik Îsâ tasvirinin bir köşesinde kendi portresini yaptırmıştır. Buna göre kilisenin bu orta kısmının XII. yüzyıla ait olduğu söylenebilir. IV. Haçlı Seferi sırasında (1204-1261) tekrar harap olan mâbedin Bizans İmparatorluğu ihya edildiğinde saray ileri gelenlerinden Theodoros Metokhites tarafından çok büyük ölçüde tamir ettirilip genişletilerek 1321’de tamamlandığı bilinmektedir. Bu sırada binanın güney tarafına bir ek şapelle batı cephesi önüne bir dış hol eklendiği gibi içi mozaikler ve fresko resimlerle bezenmiş, ayrıca Metokhites’in mozaik portresi iç kapının üstündeki Îsâ tasvirinin ayakları dibine yerleştirilmiştir. Theodoros’un manastıra komşu bir sarayı olduğu gibi bu dinî tesisin içinde de dostlarıyla ilmî konuşmalar yaptığı bir dairesi vardı. Palailogos sülâlesinden ve ileri gelenlerden birçok kişinin gömüldüğü manastır İstanbul’un fethine kadar kullanılmıştır. Kuşatma sırasında şehrin koruyucusu olduğu kabul edilen ve öteden beri Sarayburnu’nda bir manastırda muhafaza edilen Meryem ikonası surlara yakın olduğu için buraya getirilmiştir.
Fetihte ilk ele geçirilen yapılardan olan Khora Manastırı bir süre boş kalmış, şehrin içindeki bazı kilise ve harabeler bilhassa II. Bayezid döneminde camiye dönüştürüldüğünde Sadrazam Atik Ali Paşa tarafından camiye çevrilmiştir. Nitekim 953 (1546) tarihli İstanbul Vakıfları Tahrir Defteri’nde “Kenîse (kilise) Camii” adıyla zikredilen mâbedin paşanın Çemberlitaş’taki evkafına bağlı olduğu kayıtlıdır. Türk döneminde Kahriye Camii olarak da adlandırılmıştır. İstanbul’daki sahâbe mezarlarından Ebû Saîd el-Hudrî’nin makam-kabrinin de burada olduğu kabul edilmektedir. Mimar Sinan’ın eserlerinin adlarını bildiren listelerden Tezkiretü’l-bünyân ve Tezkiretü’l-ebniye’den Mimar Sinan’ın Kariye Camii’ne yakın bir medrese inşa etmiş olduğu öğrenilmektedir. İstanbul medreseleri hakkında 20 Ağustos 1330’da (2 Eylül 1914) yazılan bir raporda, dört odalı ahşap bir yapı olan Kariye Medresesi’nin son derece harap bir durumda olduğu belirtilmektedir. Anlaşıldığına göre bu yıllarda medrese küçültülmüş ve daha sonra tamamen ortadan kaldırılmıştır. İstanbul’da tarihî binalara büyük zarar veren şiddetli depremlerden bahseden ve 1059 (1648) yılına ait olduğu kabul edilen bir belgeye göre (TSMA, nr. D. 9567) Kariye Camii XVII. yüzyıl ortasında oldukça hasar görmüştür. Öncekinden daha şiddetli olan ve camide önemli izler bırakan 1180 (1766) yılı depreminin hemen arkasından cami Mimar İsmâil Halîfe tarafından onarılmıştır.
Fetihten sonra Kariye Camii’ni gören yabancı seyyahların başında Fransız Albili Pierre Gilles bulunmaktadır. 1544-1550 yılları arasında Osmanlı topraklarında yaşayan, İstanbul ve çevresiyle ilgili incelemeler yapan Gilles, Konstantinos Sarayı (Tekfur Sarayı) ile Edirnekapı arasında bir yerde gördüğü kiliseden adını vermeksizin bahseder. Yine XVI. yüzyıl içinde Avusturya elçiliği papazı Stephan Gerlach da burayı ziyaret ederek caminin yanında bir medrese ile içinde ip bükenlerin çalıştığı kuru bir sarnıç bulunduğunu kaydetmiştir. Gilles gibi o da üç tarafında revaklar olan binanın içinin mozaik ve freskolarla süslenmiş olduğunu bildirir. Bu seyyahın bahsettiği kuru sarnıç, Karagümrük açıksu haznesinin (Vefa Stadyumu) arka tarafında Kasım Ağa Mescidi’nin yanında XIX. yüzyıl sonlarına kadar içinde ip bükenlerin çalıştığı yapı değilse Kariye Camii yakınında aynı iş için kullanılan ve bugün hiçbir izi kalmayan başka bir sarnıcın olması gerekir. Evliya Çelebi, XVII. yüzyılda Kariye Camii’nden onun “evvelce bir sanatlı kilise” olduğu şeklindeki tek cümle ile bahsederek herhalde içindeki zengin mozaik süslemelere işaret etmiştir. İstanbul’u dolaşan bazı yabancıların, seyahatnâmelerinde caminin içinde mozaikle işlenmiş resimler gördüklerini yazmalarından buradaki duvar resimlerinin bir kısmının üstlerinin açık olduğu anlaşılır. Nitekim tarihçi Joseph von Hammer-Purgstall, 1822’de basılan İstanbul’a dair kitabında bunların varlığından bahseder. İstanbul patriklerinden Konstantinos da Rumca’sı 1824’te, Fransızca’sı 1846’da basılan İstanbul hakkındaki kitabında yapıdaki mozaik süslemelerin varlığına işaret etmiştir. Fransız mimar ve seyyahı Charles Texier 1835’e doğru caminin ilk defa planını çizmek üzere ölçülerini almış, fakat bu kroki ve notları yayımlamamıştır. Aynı yıllara doğru A. Lenoir, Kariye’nin batı cephesinin bir rölövesini çizmiş ve 1840’ta bir kitapta neşretmiştir. Bunun en ilgi çekici tarafı, bu cephedeki kemerlerin üstlerinin dalgalı bir mahya hattına sahip olmasıdır. XIX. yüzyılın ikinci yarısı başlarında çekilen bir fotoğrafta da bu durum açık şekilde görülür.
Kariye Camii, 1875’te İstanbullu Rumlar’dan P. Kuppas tarafından yürütüldüğü söylenen bir onarım geçirmiştir. Nitekim Fransız mimarlık tarihçisi A. Choisy, 28 Eylül 1875’te ziyaret ettiği Kariye Camii’nin o sırada tamir edildiğini yazar. Bu onarımda batı cephesinin dışındaki kemerlerin üstleri düz bir mahya hattıyla kesilmiştir. Onarımdan önce çekilmiş bir fotoğrafla D. Galanakis adında bir ressamın çizdiği resim litografya olarak A. G. Paspatis’in 1877’de yayımlanan eserinde Khora Kilisesi’nin Bizans dönemindeki tarihçesiyle beraber basılmıştır. Aynı yıllarda Avusturyalı mimar D. Pulgher, İstanbul’daki Bizans kiliselerinin rölövelerinin yer aldığı büyük bir albüm halindeki kitabında Kariye Camii’nin pek gerçeğe uymayan planı ve cephe etütleriyle birlikte içindeki mozaik ve freskoların bir kısmının kopyalarını da neşretmiştir. Ayrıca 1886’da duvar resimlerinin bir de katalogu bastırılmıştır. İstanbul’da büyük zararlar veren 1894 depreminde Kariye Camii’nin bazı kısımları yine harap olmuş, hatta minaresi de yıkılmıştır. Ancak az sonra yeniden tamir edilen mâbedi, II. Abdülhamid döneminde İstanbul’a gelen Alman İmparatoru Kaiser II. Wilhelm ziyaret etmiştir. Alman mimar A. Rüdell, binanın rölövelerini büyük boyda bir kitap halinde 1908’de yayımlamış, Alexander van Millingen de büyük eserinde görülebilen duvar resimlerinin açıklamalı bir listesine yer vermiştir. Ayrıca İstanbul’daki Rus Arkeoloji Enstitüsü üyelerinden F. I. Schmit, Kariye Camii ve mozaikleri hakkında büyük bir eser neşretmiştir. İstanbul tarihi ve eski eserleri hakkında pek çok araştırması olan İhtifalci Mehmed Ziyâ 1910’da resimli bir kitapta bunları tanıtmıştır.
Ayasofya’da 1932’den beri mozaik araştırmaları yapan Thomas Whittemore başkanlığındaki Amerikan Bizans Enstitüsü 1948’de Kariye Camii’nde de çalışmalara girişti. O yıla kadar namaza açık olan cami vakıflardan alınarak müzeler dairesine bağlandı. Açıkta olan mozaikler temizlendiği gibi üstleri ince bir badana tabakasıyla örtülü olan güney tarafındaki ek kilisenin freskolarının meydana çıkarılmasına da başlandı. 1950’de Whittemore’un ölümü üzerine çalışmalar, merkezi Washington’da bulunan Dumbarton Oaks Bizans Araştırmaları Enstitüsü tarafından Paul Underwood’un başkanlığında bütünüyle yabancılardan oluşan bir ekiple sürdürüldü. Ousterhout’un hazırladığı, Kariye Camii’nin genel mimarisine dair monografya 1987’de yayımlandı. Binanın içindeki duvar resimlerinin tamamı ise dört büyük cilt halinde ayrıca basıldı. Bundan sonra Kariye tekrar cami haline dönüştürülmemiştir. Bu tarihî eserin 450 yıldan beri cami olarak kullanıldığı düşünülmeksizin içindeki bütün teberrükât eşyası kaldırılmış, ahşap minber Zeyrek Kilise Camii’ne taşınıp buranın orta bölümüne konulmuştur. Bizans Enstitüsü, binayı restore ettikten ve mimari bakımdan etraflı bir incelemesini yaptıktan sonra Kariye Camii Ayasofya Müzesi Müdürlüğü’ne bağlı olarak ziyarete açılmıştır. Semavi Eyice tarafından Kariye Camii’ne dair bol resimli bir monografya 1997 yılında İngilizce, Fransızca ve Almanca olarak yayımlanmıştır.
Bugün mevcut yapıda mimari bakımdan çeşitli dönemlere işaret eden değişik duvar örgülerine rastlanmakla beraber binanın ana mekânı dört ağır pâyeye oturan dört kemerden meydana gelmiş, ortasında kubbe bulunan kiborion biçimindedir. XI. yüzyıla, yani Komnenoslar dönemine ait olduğu anlaşılan bu ana mekânın batı tarafındaki giriş holü de (nar-teks) Aleksios Komnenos’un oğlu Isaakios tarafından yenilenen kiliseye ait olmalıdır. Bu ana mekânın apsis kısmının iki yanındaki kubbeli ve apsisli küçük mekânların da bu döneme ait olması gerekir. XIV. yüzyıl başlarında bina Metokhites tarafından ihya edilirken ana mekânın sağ (güney) cephesine bitişik olarak yapılan ek ince uzun tek nefli bir şapel karakterindedir. Aynı zamanda batı tarafına bir dış hol eklenmiştir. Binayı iki taraftan saran bu eklerin dış cepheleri kör kemerlerle hareketlendirilmiştir. Yapının güney-batı köşesindeki çıkıntının aslında çan kulesinin kaidesi olduğu ileri sürülür. Kilise camiye dönüştürüldükten sonra içinde merdiven olan bu çıkıntı minarenin kürsüsü olmuştur. Burada dikkati çeken bir özellik, minare gövdesine yakın kısımdaki kemerlerin Türk mimarisindeki kaş kemerler biçiminde oluşudur. Fakat bunların Bizans yapımı olduğu içlerinde tuğladan yapılmış, Metokhites’in adını veren monogramlardan anlaşılmaktadır. Gerek güneydeki ek şapelde gerekse batıdaki dış holde mevcut çok sayıdaki nişin son Bizans döneminin bazı ünlülerinin mezar yerleri olduğu tespit edilmiştir. Bu ek şapelin altında üzeri beşik tonozlarla örtülü yüksek bir bodrum vardır. Bizans devrinde binanın doğu tarafında arazi meyilli olduğundan apsis çıkıntısı büyük bir kemerle desteklenmiştir. Yapının içinde ayrıca Bizans mermer işçiliğinin güzel bazı örnekleriyle de karşılaşılmaktadır. Kariye Camii’ne Türk devrinde önemli bir mimari ekleme yapılmamıştır ve bir harim avlusu olmadığı gibi bir şadırvanı da yoktur. Bugün görülen minare 1894 zelzelesinden sonra inşa edilmiş olup bir sanat değerine sahip değildir. Binanın bir vakitler cami olduğuna işaret eden tek unsur mihrap da geç bir döneme ait olup sanat değeri yoktur.