Nokta dergisinin askerî mahkeme kararıyla 2007 yılında aranması ve dergideki belgeler ile bilgisayar dosyalarına el konulması üzerine, dergi yöneticilerinin yaptığı başvuruyu değerlendiren Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi (AİHM), Türkiye’nin "Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi’nin ifade özgürlüğü ile ilgili 10. maddesini ihlal ettiğine" hükmetti. AİHM'in gerekçeli kararında, "gazetecilerin haber kaynaklarının gizliliğinin korunması ilkesinin ihlal edildiği" bildirildi.
Nokta dergisi, tartışma yaratan kapak haberinde, Genelkurmay’ın şirketleri ve gazetecileri bir listeyle "lehte" veya "aleyhte" diye sınıflandırdığını iddia etmiş, konu ile ilgili gizli listeyi ele geçirdiğini belirtmişti. Söz konusu haberin ardından Genelkurmay Başkanlığı’nın talimatı ve askerî mahkeme kararıyla dergide arama yapılmış, derginin yazılı ve bilgisayar kayıtlarına el konulmuş ayrıca dergi yöneticilerinden haberle ilgili belgelerin, kaynakların teslim edilmesi istenmişti.
AİHM kararı gereği Türkiye, derginin genel yayın yönetmeni Ahmet Alper Görmüş’e iki bin 750 avro, yazı işleri müdürleri Ahmet Haşim Akman ve Mehmet Ferda Balancar’a kişi başı bin 650 avro, dergide araştırmacı gazeteci olarak çalışan Ahmet Şık ve Banu Uzpeder’e yine kişi başı 850 avro, Nevzat Çiçek’e ise 500 avro maddi tazminat ödeyecek.