Yargıtay'ın bozma kararının ardından Ergenekon ana davasına bakan İstanbul 4'üncü Ağır Ceza Mahkemesi, İlker Başbuğ ve Başbuğ ile bağlantılı suç işledikleri iddia edilen Dursun Çiçek'in de aralarında bulunduğu 18 sanığın dosyasının görevsizlik kararıyla Anayasa Mahkemesi’ne gönderilmesine karar verdi. Bu kararla; Başbuğ’un Yüce Divan’da yargılanmasının önü açıldı.
Ergenekon kumpasında İlker Başbuğ, ‘Genelkurmay Başkanlığı dönemine ilişkin soruşturma geçirdiği için’ Yüce Divan’da yargılanmasını talep etmiş ancak bu o dönemki savcılarca reddedilmişti.