Milliyet'e konuşan Köksal Şengün 2008’de başlayan Ergenekon davasında 3 yıl mahkeme başkanıydı. 2011’de görevden alınarak başka bir ile atandı ve daha sonra da emekli oldu. Şengün Yargıtay’ın bozma kararıyla ilgili şunları söyledi:
"Dava en başından itibaren sakattı. İlk düğme yanlış iliklenmişti. Öyle de devam etti. Delilsiz bir dava için ancak böyle bir sonuç çıkabilirdi. Normal hayatta birbirlerini kırıp geçirecek insanlar aynı örgütün mensupları olarak bir araya getirildi. O zamanlar bazıları ‘Ali kıran, baş kesen’ idiler. Şimdi niye konuşamıyorlar?"
"Çok zor günlerdi"
"En azından tutuksuz yargılama yapılabilseydi bu kadar mağduriyet doğmazdı. O zaman bunun kavgasını verdik ama maalesef başarılı olamadık. Başkan olmak yetmiyor. Heyet içinde her hâkimin bir oyu var ve karar için belli bir oran şart. Adam 6 sene hapis yatmış. Şimdi beraat etse ne olur? Adama gülerler. Konuştukça hislerim eskiye dönüyor. Eskiye dönmek istemiyorum. İnsan üzülüyor. Çok zor günlerdi. Devlet terbiyesi aldık, her şeyi açık açık konuşamıyoruz. Keşke hiç böyle olmasaydı."
"Dava sakattı"
"Devletin generalini, askerini teröre suçuyla yargılıyorsun. Peki delilin ne? Aleyhte ifade veren kim? Terör örgütünün 2 numarası, 3 numarası… Olur mu böyle bir şey? Davanın her tarafı sakattı, lime lime dökülüyordu. Yargılama sürecinde ölen insanlar oldu. Hasta oldukları halde tahliye edemedik. İnsan bundan kendine sorumluluk payı çıkarıyor ve üzülüyor. Tahliye olsalardı belki tedavi olabilirlerdi. İşin kötü yanlarından biri de davayı bilen bilmeyen herkes konuştu. Herkes kendine göre yorumladı. Hiç bilmeyenler bile konuştu. Davadaki insanlardan herhangi biriyle daha sonra karşılaşmadım. Hâkim-sanık konuşması iyi bir şey değil. Hem ne konuşacağız? ‘Haksız yere yattın, biz seni tahliye edemedik mi?’ diyeceksin. Ama gıyabımda konuşulanların bir kısmını duyuyorum. Kötü şeyler değil. Kaldı ki her şey ortada."
Ümraniye'deki bir gecekonduda 12 Haziran 2007'de 27 el bombası ele geçirilmesiyle başlayan Ergenekon davasında Yargıtay kararını açıklamıştı. Yargıtay 16. Ceza Dairesi, yerel mahkemenin kararını, delillerin hukuka aykırı toplandığını gerekçe göstererek usûl yönünden bozmuştu.