İddianameyi hazırlayan savcının Dündar ve Gül'e yönelttiği suçlamalar şöyle: "Devletin gizli kalması gereken bilgilerini siyasal veya askeri casusluk amacıyla temin etme", "Devletin güvenliğine ilişkin gizli kalması gereken bilgileri casusluk maksadıyla açıklama", "Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen yada tamamen engellemeye teşebbüs etmek" ve "Silahlı terör örgütüne üye olmaksızın bilerek isteyerek yardım etme."
Savcı bu suçlamalardan Dündar ve Gül için ayrı ayrı bir kez ağırlaştırılmış müebbet, bir kez müebbet ve 30 yıla kadar hapis cezası istedi.
Savcılık, ayrıca davanın, Fethullah Gülen'in de sanık olduğu "Selam Tevhid'de kumpas" davası ile birleştirilmesini talep etti. Savcı, davanın 'kapalı oturumda' yapılmasını istedi. Talep kabul edilirse avukat ve sanıklar dışında, davayı kimse izleyemeyecek. İddianame İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi.
Can Dündar ve Erdem Gül ile ilgili iddianamede Cumhurbaşkanı Erdoğan ve MİT Müsteşarlığı 'müşteki' olarak yer alıyor.