Aslına uygun olarak yenilenen çatıda ve kulelerde arduvaz (taş) kaplamalar kullanıldı. Ayrıca yangından etkilenmeyen ancak yoğun yağmurlar nedeniyle çürüyen çatının bazı kısımlarının ahşap doğramaları da yenilendi.
Restorasyon sırasında binanın çatıdan bodrum kata kadar bütün bölümleri elden geçiriliyor. Kapılardan duvarlara her nokta titizlikle incelenerek restore ediliyor. Ayrıca binada hasar gören vitray camlar da aslına uygun olarak yenileniyor.
Tarihi binada yapılan restorasyon ilk değil. 1. Dünya Savaşı sırasında cephanelik olarak kullanılan bina, çıkan yangın sonucu büyük ölçüde hasar görmüş ve tamir edilmişti.
1979 yılında ise Haydarpaşa Garı önlerinde kaza yaparak yanmaya başlayan ve infilak eden Romen bayraklı Indepententa adlı tankerden yükselen alevlerin ısısıyla binanın vitray camları hasar görmüş ve tamir edilmişti. 1983 yılında binanın iki kulesinin de tamirat yapılmıştı.
Öte yandan Haydarpaşa Gar sahasındaki arkeolojik kazılar da devam ediyor.
Geç Roma, Bizans ve Osmanlı dönemine ait tarihi kalıntıların gün yüzüne çıkarıldığı kazılar hakkında İstanbul V Numaralı Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu yeni kararlar aldı. Kurul, kazı çalışmalarının yoğun bir şekilde devam ettiği ve tarihi kalıntıların çıkarıldığı gar sahasındaki peronların gar binası fonksiyonunu tamamlayıcı görevi ve değeri açısından korunması gerekli kültür varlığı olarak tescilledi. Kurul ayrıca peronların rölövesinin de hazırlanmasına karar verdi.