Boğaziçi Üniversitesi’nde enstitü müdürlükleri de dahil olmak üzere akademik ve idari konumlarda görev alacak olan öğretim üyeleri, ilgili akademik kadronun kapalı oyuyla seçiliyordu.
Sosyal Bilimler Enstitüsü müdürünün görev süresinin dolmuş olması nedeniyle, eski Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Ali Tekcan tarafından Sosyal Bilimler Enstitüsü (SBE) Müdürü Tercih Belirleme Komisyonu kurulmuş ve seçimde oy verecek SBE’ye bağlı olan bölümlerin tam zamanlı öğretim üyesi ve görevlisi listeleri belirlenmişti.
9 Şubat 2021 günü çevrimiçi olarak yapılan seçimde tek aday olan Prof. Dr. Ünal Zenginobuz, oylamaya katılan 201 öğretim üyesinden 197’sinin oyunu almıştı.
Bu süreçte rektör Bulu, İşletme Bölümü’nden bir öğretim üyesinin SBE Müdürü olarak atandığını ilan etmiş, ancak bahsi geçen öğretim üyesi sağlık sebebiyle görevi kabul edemeyeceğini rektörlüğe bildirmişti.
26 Şubat 2021 günü Boğaziçi Üniversitesi öğretim üyeleri tarafından Güney Meydan’da gerçekleşen nöbette yapılan açıklamada, “Sosyal Bilimler Enstitüsüne kendi iradesi dışında atanan meslektaşımızın istifası neredeyse bir aydır işleme konmazken, demokratik yöntemlerle seçtiğimiz Sosyal Bilimler Enstitüsü Müdürümüz ve Mühendislik Fakültesi Dekanımızın resmî atamaları halen gerçekleşmedi” denmişti.
Bulu, boş kalan Enstitü müdürlüğüne Fizik Bölüm öğretim üyesi olan, Rektör Yardımcısı Prof. Naci İnci’yi atadı.
Atamayla ilgili konuşan Bulu: “Ortam normalleşene kadar pozisyonlara rektörlük tarafından atama yapılacak”dedi.
Bu arada 70’ten fazla Boğaziçi Üniversitesi akademisyeni, Melih Bulu’nun rektör olarak atanması kararının iptali için Danıştay’a başvurdu.
Dilekçede, “Yapılan atama işlemi, Anayasal ilkeler ve kurallarla bağdaşmaktan uzak, hukuka aykırı bir işlemdir” denilirken “Sayın Cumhurbaşkanı tarafından kullanılan takdir yetkisi maalesef kamu yararının aleyhine ve atama işleminin oluşturacağı etki gözetilmeden kullanılmıştır” ifadeleri kullanıldı.
Bulu’nun siyasi geçmişine de dikkat çekilen dilekçede, Yükseköğretim Kanunu’nda (YÖK) rektörlük ataması için belirlenen “Siyasi parti üyesi olan öğretim elemanları, Yükseköğretim Kurulu ve Yükseköğretim Denetleme Kurulu üyesi, rektör, dekan, enstitü ve yüksekokul müdürü ve bölüm başkanı olamazlar, onların yardımcılıklarına seçilemezler” koşulu hatırlatıldı.