Küçükkaya bu göreve, 2017’de Cumhuriyet gazetesi vakfında yaşanan yönetim değişikliğinin ardından aralarında gazetenin genel yayın yönetmeni Murat Sabuncu, vakıf başkanı Akın Atalay, yazarlar Kadri Gürsel ve Ahmet Şık’ın da olduğu isimlerin tutuklanmasıyla süren Cumhuriyet gazetesi davası sonrasında getirilmişti.
Küçükkaya ve vakıf başkanı Alev Coşkun, bu davada savcılığın tanıkları arasında yer almıştı.
Aykut Küçükkaya’nın Twitter’dan duyurduğu istifa mektubu şöyle: